早在清乾隆四十二年(1777年)，被称为米拉日巴化身的洛桑达吉上师，在此地原有一座佛塔的基础上，仿照米拉日巴在洛扎亲自建造的九层楼阁的造型，新建了安多合作米拉日巴佛阁。但这座古老的佛阁毁于文革。

      1986年，随着民族宗教政策的落实，米拉日巴佛阁于1988年动工重建。至1992年，这座总面积411日平方米，高40余米的九层佛阁竣工开光，重现昔日风采。 佛阁的第一层佛殿中央塑有弥勒佛，左右两侧为文殊菩萨和金刚手大势至菩萨。左右两侧还有千手千眼大悲观音菩萨、米拉日巴、释迦牟尼、药师、白度母、尊胜佛母、无量寿佛、千手千眼白伞盖、绿度母、智度佛母、阿众佛、狮子吼等佛侮。

      大殿东西两壁，还有许多生动精美的塑像，有的是佛，有的是大成就者，也有著名藏王。 第二层佛殿中央是宗喀巴及其弟子克珠杰和嘉曹杰；第三层中央是藏族群众崇奉的师君三尊一莲花生、希瓦措、赤松德赞；第四层中央是密宗事部三怙主一佛部文殊、莲花部观世音、金刚部金刚手佛等。

      所有佛像中，有以米拉日巴及其弟子为主的藏传佛教各派的开宗祖师、以喜金刚为主的密乘四部的众多本尊佛像，一至九层，共有佛像总数为1270尊，佛阁大院四周的外围装有铜制的嘛呢经教130个，佛阁大院围墙顶部建有小佛塔1500个，每个佛塔高约两肘。九层佛阁前，又修建宝塔一座，与佛阁遥相呼应。